Dalam hal fasilitas pendidikan, di wilayah Kelurahan Kidul Dalem setidaknya terdapat 6 lembaga pendidikan formal jenjang dasar hingga menengah, serta beberapa lembaga bimbingan belajar dan pondok pesantren. Diantaranya adalah:

1. SDN Kidul Dalem 1, Jl. Majapahit, Telp. +62341 323418

2. SDN Kidul Dalem 2, Jl Embong Brantas Gg. SD No. 26, Telp. +62341 321438

3. SD Islam Klojen Kidul, Jl. Aries Munandar VI B No. 2, Telp. +62341 357338

4. SD Taman Harapan, Jl. Arie Munandar No. 2-4, Telp. +62341 362728

6. SMP Taman Harapan, Jl. Arie Munandar No. 2-4, Telp. +62341 328471

7. SMA Taman Harapan, Jl. Majapahit No. 1, Telp. +62341 362400

8. Ponpes. Darul Hadits Alfaqihiyyah, Jl. Aries Munandar No. 8 A-B, Telp. +62341 362679 

9. LBB Ganesha Operation, Jl. Sultan Agung Selatan No. 4